1、選擇性加熱。因為水分子對微波吸收最好，所以含水量高的部份，吸收微波功率多于含水量較低的部份。這就是選擇性加熱的特點，利用這一特點可以做到均勻加熱和均勻殺菌的目的。
  2、節能高效。微波是直接對物料進行作用，因而沒有額外的熱能損失，爐內的空氣與相應的容器都不會發熱，所以熱效率極高，生產環境也明顯改善，與遠紅外加熱相比可節電30%。
  3、時間短，效率高。微波加熱殺菌是使被加熱物體本身成為發熱體，不需要熱傳導的過程。微波從四面八方穿透物體內部里外同時使物體在很短時間內達到均勻加熱殺菌，大大縮短了干燥殺菌時間，從而更能提高產量。
  4、易于控制，工藝先進。與常規方法比較,設備即開即用；沒有熱慣性，操作靈活方便；微波功率可調，傳輸速度可調。在微波加熱干燥殺菌中，無廢水、廢氣、廢渣，是一種安全無害的高新技術。
在保健品生產和農產品加工過程中，使用微波真空冷凍干燥設備，最大限度保持物料原有的風味、色澤和營養成分等不變。因凍干產品是在低溫真空（缺氧）的條件下完成，酶和細菌不會增生，食品不變質、不氧化，營養成分特別是那些遇高溫會分解的維生素和化凍時與水一起流失的水溶性營養素損失就很少。可降低能耗且環保。物料用冷凍干燥方法處理，需補充升華熱。微波加熱是交頻電磁場的介質熱，微波穿透物料的整體內外、同時加熱，可節約大量能源、提高加熱和干燥速度。
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