把人體內所有微生物菌群基因組的總和稱為“人體宏基因組”（human metagenome）。人類宏基因組學（human metagenomics）研究人體宏基因組結構和功能、相互之間關系、作用規律和與疾病關系的學科。它不僅要把總體基因組序列信息都測定出來，而且還要研究與人體發育和健康有關的基因功能。人類宏基因組計劃目標是：把人體內共生菌群的基因組序列信息都測定出來，而且要研究與人體發育和健康有關的基因功能。宏基因組工程與海洋生物學進行有機的結合，促使人類了解許多為培養海洋微生物的基因組序列及其功能產物，在海洋天然藥物研究、海洋極端環境微生物研究、海洋微生物多樣性探索中具有十分重要的應用前景。宏基因組是指在一個生態系統中的所有微生物群體的綜合基因組組成。病原微生物研究

    宏基因組測序的流程簡要介紹：樣品采集：從感興趣的環境中采集微生物樣品，可以是土壤、水樣、腸道微生物等。DNA提取：從微生物樣品中提取總DNA，包括來自各種微生物的DNA片段。建庫：將提取的DNA片段進行文庫構建。文庫構建包括DNA片段的斷裂、末端修復、連接測序適配體、PCR擴增等步驟。高通量測序：將建立好的文庫送入高通量測序儀進行測序。常用的高通量測序平臺包括Illumina、PacBio、OxfordNanopore等。數據處理與分析：對測得的原始數據進行質控、序列拼接、注釋等工作，獲取微生物群體的整體基因組數據。對測序數據進行生物信息學分析，包括物種鑒定、功能預測、群落結構分析等。結果解讀：根據分析結果，了解微生物群體的組成、功能、相互關系等信息，從而深入了解微生物群體在所研究環境中的角色和功能。 測序技術的原理研究宏基因組可以揭示微生物群體在特定環境下的功能潛力和相互作用。

宏基因組測序技術是一種用于研究微生物群落整體基因組的高通量測序技術，它在近年來在微生物學領域得到了廣泛的應用。宏基因組測序的流程主要包括樣品采集、DNA提取、文庫構建、高通量測序和數據分析等步驟。首先是樣品采集，從環境中獲取微生物樣品;然后進行DNA提取，提取微生物群落的總DNA;接著是文庫構建，將提取的DNA片段連接到測序文庫中;然后進行高通量測序，通過測序儀對文庫中的DNA進行測序;是數據分析，對測序數據進行處理和解讀，得到微生物群落的組成、功能等信息。

    全面性：宏基因組測序可以同時檢測和分析環境中所有微生物的基因組，而不是單一物種。這使得我們能夠獲得微生物群落的全貌，包括稀有物種和難以培養的微生物。高分辨率：該技術能夠提供高分辨率的微生物群落結構信息，包括物種組成、相對豐度和遺傳多樣性。這有助于我們更深入地了解微生物之間的相互作用以及它們在生態系統中的功能。發現新物種和基因：宏基因組測序可以發現新的微生物物種和基因，這些基因可能編碼了新的生物活性物質或具有重要的生物學功能。這為新藥研發、生物工程和生物技術應用提供了寶貴的資源。無需培養：與傳統的培養方法相比，宏基因組測序不需要對微生物進行培養，因此可以檢測到那些無法在實驗室條件下培養的微生物。這對于研究那些難以培養或生長緩慢的微生物尤為重要。 宏基因組是研究微生物群落的有力工具。

    1991年提出環境基因組學（environmentalgenomics）的概念，同年構建了個通過克隆環境樣品中DNA的噬菌體文庫。1998年美國國立環境衛生科學研究所啟動了環境基因組計劃（environmentalgenomeproject，EGP），開展有關人體遺傳變異與環境脅迫相互關系的研究。環境基因組學次提出特定生態條件下，全部生物基因組總體概念，這是基因組學的重要進展。1998年提出生命研究對象應是生物環境中全部微小生物的基因組，提出針對特定環境樣品中細菌和的基因組總和進行研究的這一宏基因組(metagenome)概念2007年3月，美國國家科學院以“環境基因組學新科學——揭示微生物世界的奧秘”為題發表咨詢報告，指出宏基因組學為探索微生物世界的奧秘提供新的方法，這是繼發明顯微鏡以來研究微生物方法的重要進展。 可直接提取環境樣本 DNA 進行測序。測序技術的原理

挖掘未知的代謝途徑和潛在的生物活***原微生物研究

宏基因組是指環境中所有微生物的基因組總和。它包含了數以億計的微生物基因，這些基因編碼了各種生物化學過程和功能。通過研究宏基因組，我們可以更好地了解微生物在生態系統中的作用，以及它們對環境變化的響應。是研究宏基因組的重要手段。它通過對環境樣品中的 DNA 進行高通量測序，獲得大量的微生物基因組序列信息。這些序列可以用于構建微生物群落的基因組草圖，分析微生物的物種組成和遺傳多樣性。宏基因組研究的一個重要方向是挖掘新的生物活性物質。微生物產生的許多天然產物具有重要的生物活性，如、抗藥物等。通過宏基因組測序，可以發現新的微生物物種和基因，為藥物研發提供新的線索。病原微生物研究