保存培養(yǎng)基的容器要選擇材質穩(wěn)定、密封性好的。新的容器在使用前要進行清洗和滅菌。大多數培養(yǎng)基在低溫環(huán)境下保存可延長保質期并減少微生物生長。一般來說，固體培養(yǎng)基可在4℃冰箱中保存，液體培養(yǎng)基如需長期保存，可分裝后置于-20℃冷凍保存。但要注意某些培養(yǎng)基成分在低溫下可能會出現沉淀或變性，因此需根據培養(yǎng)基的特性選擇合適的保存溫度。

光照可能會引起培養(yǎng)基中某些成分的光化學反應，導致營養(yǎng)成分分解或變質，從而影響培養(yǎng)基質量，為微生物污染創(chuàng)造條件。因此，培養(yǎng)基應儲存在暗處，可使用棕色容器或用鋁箔包裹容器來避免光照。儲存過程中要確保容器密封良好，防止外界空氣、灰塵和微生物進入。