稅務機關稽查部門的基本架構2018年國地稅合并前，架構有兩種：即一級稽查體制和與之相對應的二級、三級稽查體制。2018年下半年合并后，稅務稽查以全新的架構出現在納稅人面前，合并后，直轄市、省級城市、市、地（州、盟）城市設國家稅務總局某某市稅務稽查局，負責全部轄區內的舉報、金三系統分析出來案件的受理與大案、要案檢查。同時分設稽查局、第二稽查局、第三稽查局（甚至第四、第五稽查局……），負責對應分管轄區內的稅務稽查工作。與過去相比，納稅人接受稅務檢查的方向已經變得簡單。一般情況下，只會受到來自所在區對應的某稽查局的稅務檢查；特殊情況下，會受到來自國家稅務總局某特派員辦事處的檢查。這對納稅人來說是一件好事，與過去相比，被檢查的概率下降。
稅務稽查案件辦理過程中，細化了提取電子數據的程序，保障電子數據取證工作的合法合規。
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