與傳統的水處理工藝相比，磁分離技術是一種新興的凈化技術。磁分離技術在廢水處理中的應用主要有三種：直接磁選、間接磁選和微生物磁選。

磁分離處理廢水主要是利用污染物的凝聚性和污染物的增加性。冷凝是指含有鐵磁性或順磁性的污染物，由于磁場的作用，在凝結成表面直徑增大的顆粒后被去除。利用外加的磁種增強了弱順磁性或非磁性污染物的磁性，使其通過磁分離得以去除；利用外加的微生物吸附廢水中的順磁性離子，利用磁分離去除離子型順磁性污染物。

近幾年來，在河湖水體修復工程中，磁分離技術以其處理水量大，設備占地少，運行穩定，消除黑臭效果顯著等優點，在國內許多工程中得到應用和推廣。

從技術原理的論證、生產工藝的設計、試驗數據的分析，到后的成套磁分離設備的制作，都涉及磁力學、流體力學、材料防腐學、有機化學、生物化學等多個學科的研究，需要解決許多技術難題，如磁化絮凝、吸附打撈、排渣除泥、磁種回收、排泥、自動控制等，而且技術密集、科技含量高。

磁分離技術主要包括藥劑投加、磁絮凝反應、磁性分選、磁種回收循環、污泥處理五個方面。為進一步提高磁分離效率，穩定磁分離出水水質，磁選裝置優化磁選裝置內部水力流態，并根據出水水質和磁選出水狀況發展自動加藥控制系統，是近年來的研究方向之一。

另外，磁分離技術對懸浮物(SS)、生化需氧量(COD)、總磷(TP)等的去除效果較好，但對氨氮(NH3-N)的有效去除和COD的深度去除仍需進一步研究突破。開發大水量、快速反應、效果穩定、與磁分離技術相結合的高效物化工藝，可顯著提高氨氮、COD、SS等的去除率，進一步改善出水水質，改善河道水體環境，也是全面推進水體環境治理的關鍵問題。