當公司被列入稅務風險納稅人時，可以采取以下措施來處理：首先，要積極與稅務機關溝通。及時了解具體的風險事項和原因，認真聽取稅務機關的意見和要求。其次，對自身的稅務情況進行全面自查。仔細檢查財務賬目、納稅申報資料等，查找可能存在的問題，并整理相關證據。然后，針對發現的問題制定整改措施。如果確實存在錯誤或違規行為，要及時糾正，如補繳稅款、調整賬目等，并按照稅務機關的要求提交整改報告和相關證明材料。同時，加強內部稅務管理。完善稅務管理制度和流程，提高稅務人員的素質和合規意識，防止類似問題再次發生。此外，保持與稅務機關的持續溝通和配合。及時反饋整改情況，解答稅務機關的疑問，爭取早日解除稅務風險狀態。例如，公司在自查中發現有幾筆應納稅款未申報，應立即進行補申報和繳納，并向稅務機關說明情況；或者對稅務人員進行培訓，提高其對稅收政策的理解和操作能力，從根本上降低稅務風險。

　　稅務稽查旨在查處稅收違法行為，保障稅收收入，維護稅收秩序，促進依法納稅，保證稅法的實施。

　　請注意,以上建議僅供參考,具體解決方案需要根據公司的具體情況和稅務局的要求來確定。如需詳細了解可咨詢深圳宏煒財稅事務所有限公司，公司主營：公司注冊、代理記賬、 工商變更 、稅務稽查等