高通量篩選的實驗方法分子水平和細胞水平的實驗方法（或稱篩選模型）是實現藥物高通量篩選的技術基礎。由于藥物高通量篩選要求同時處理大量樣品，實驗體系必須微量化，而這些微量化的實驗方法應根據新的科研成果來建立。第四軍醫大學周四元研究認為，藥物高通量篩選模型的實驗方法，根據其生物學特點，可分為以下幾類：受體結合分析法；酶活性測定法；細胞分子測定法；細胞活性測定法；代謝物質測定法；基因產物測定法。這些實驗方法，均已用于藥物高通量篩選中。小分子垂釣等高通量篩選。內蒙古高通量篩選技術命中率

我國進行藥物高通量篩選的優勢首先是化合物來源，且多為天然；其次是對化合物生物活性的篩選目的較明確，無目的合成的化合物較少；第三，我國傳統藥物為篩選研究提供了一個巨大的資源庫，可從中藥中提取分離篩選新的化合物。這些優勢為藥物的高通量篩選打下了堅實基礎。我國藥物高通量篩選初現規模：藥物高通量篩選工作在我國起步較晚，且不規范。近幾年，我國進行了外引內聯的整體化、規模化基礎建設，已初見成效。1996年中國醫學科學院引進國內臺Biomek2000型實驗自動化工作站；1998年又引進臺Topcount微量閃爍計數器，使放射配基實驗、放射免疫實驗等技術微量化、自動化。內蒙古高通量篩選技術命中率高通量篩選菌種技術。

高通量篩選時每天要對數以千萬的樣品進行檢測，工作枯燥，步驟單一，操作人員容易疲勞、出錯。自動化操作系統由計算機及其操作軟件、自動化加樣設備、溫孵離心設備和堆棧4個部分組成。自動化操作系統代替人工操作顯然有諸多優勢，它利用計算機通過操作軟件控制整個實驗過程，編程過程簡潔明了。微量篩選系統 由于高通量篩選采用的是細胞、分子水平的篩選模型．樣品用量一般在微克級（μg），節省了樣品資源，奠定了“一藥多篩”的物質基礎，同時節省了實驗材料，降低了單藥篩選成本。

高通量篩選是藥物研發的一個重要手段，然而研究中發現一些化合物在不同類型靶點篩選中均表現出陽性結果，這類化合物稱為“頻繁命中化合物”（Frequent hitters）。根據篩選結果的有效性，頻繁命中化合物可以大致分為兩類，一是能與許多不同類型靶點成鍵結合的混亂化合物（Promiscuous compound）；二是通過干擾實驗條件而在多個實驗中呈現出陽性結果的假陽性化合物（False positive）。雖然混亂化合物可能成為多藥理作用的研究起點，但考慮其低選擇性容易與其他蛋白發生反應從而導致潛在的毒副作用，因此這類化合物通常不作為新藥物研發的優先；而假陽性化合物產生機制較為復雜，根據現有的研究主要可以分為：膠體聚集化合物、自熒光化合物、熒光酶抑制劑和化學易反應化合物。高通量篩選包含什么。

瓊脂平板篩選法，對突變體間差異可視化較弱，適用于突變庫的初步篩選，篩選后的突變體仍需要其他檢測方法如微孔板法進行準確定量。數字影像分光光度計在瓊脂平板篩選方法中的應用使瓊脂平板法的靈敏度提高且通量達到10^5克隆/d，若可根據目標酶或代謝產物的特性建立瓊脂平板篩選方法，則無需使用依賴復雜儀器設備的超高通量篩選法。平板篩選法是微生物在平板固體培養基上進行生殖反應，從而反應出來的性狀。微孔板篩選方法微孔板篩選方法通過檢測微孔板中底物或目標產物所引起的吸光度或熒光變化對其進行定量分析，可以保證篩選的精確性和靈敏度，是目前常用的篩選方法。根據熒光或吸光度精確檢測目標產物的微孔板(Microtiterplate，MTP)篩選方法應運而生，并已廣泛應用于酶和細胞工廠的定向改造中。但微孔板篩選法存在通量低、操作耗時等缺點。微孔板篩選法，可以理解成非常小的搖瓶，是微生物在液體環境中反應出來的性狀。高通量篩選的技術優點。內蒙古高通量篩選技術命中率

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